Ο θεσμός του Κυπέλλου ξεκίνησε το 1996 με το ζευγάρι του τελικού να προκύπτει μετά από μια σειρά νοκ - άουτ αγώνων και διατηρήθηκε σε αυτή τη μορφή μέχρι το 1999. Πρώτη ομάδα που αναδείχθηκε Κυπελλούχος ήταν ο Σπόρτιγκ που επικράτησε εύκολα στον τελικό της Κομοτηνής με 98-56. Από το 2000 καθιερώθηκε το Final-4 με την διοργάνωση να ταξιδεύει σε πολλές περιοχές της Ελλάδας δίνοντας μεγαλύτερο ενδιαφέρον στο θεσμό και τον Παναθηναϊκό να κατακτά τον πρώτο τίτλο με αυτή τη μορφή απέναντι στον Απόλλωνα Πτολεμαϊδας με 74-72.

Οι τελικοί του κυπέλλου:
1996 (Πτολεμαϊδα) Σπόρτιγκ - Κομοτηνή 98-56
1997 (Κατερίνη) Απόλλων Καλαμαριάς - Ολυμπιακός Βόλου 57-55
1998 (Αθήνα) Θρίαμβος - Σπόρτιγκ 77-55
1999 (Αθήνα) Σπόρτιγκ - Θρίαμβος 48-44
2000 (Σέρρες) Παναθηναϊκός - Απόλλων Πτολεμαΐδας 74-72
2001 (Ν.Ιωνία Μαγνησίας) ΔΑΣΑΛ- Σπόρτιγκ 61-55
2002 (Θεσσαλονίκη) ΑΝΟ Γλυφάδας - Μ.Αλέξανδρος 72-68
2003 (Αθήνα) ΑΝΟ Γλυφάδας - Μ. Αλέξανδρος 66-58
2004 (Αθήνα) ΔΑΣ Ανω Λιοσίων - Αστέρας Εξαρχείων 64-59
2005 (Αθήνα) ΑΟ Σπόρτιγκ - ΔΑΣ Άνω Λιοσίων 61-60
2006 (Αθήνα) Εσπερίδες - Σπόρτιγκ 61-57
2007 (Βόλος) Εσπερίδες - Καστοριά 58-53
2008 (Βέροια) Εσπερίδες - Απόλλων Πτολεμαΐδας 67-53
2009 (Αθήνα) Εσπερίδες - Π. Φάληρο 70-58
2010 (Βέροια) Αθηναϊκός Α.Σ. - ΦΕΑ ΝΦ/ΝΧ 87 -39
2011 (Αθήνα) Αθηναϊκός ΑΣ - Πρωτέας Βούλας ΑΕΟ 64-61
2012 (Αθήνα) Αθηναϊκός ΑΣ – Εσπερίδες ΑΕ 57-50
2013 (Βόλος) Πρωτέας Βούλας – ΠΑΟΚ 52-50
2014 (Κως) Ελληνικό – Παναθηναϊκός 57-55
2015 (Αθήνα) Ελληνικό – Αναγέννηση Νέου Ρυσίου 46-42
2016 (Λευκάδα) Ολυμπιακός-Παναθηναϊκός 63-60

Οι MVP των τελικών:
2000Robinson (Παναθηναϊκός Α.Ο.)
2001 Βασιλεία Γκουζίνη (Δ.Α.Σ.Α.Λ)
2002 Signe Sirge (Α.Ν.Ο. Γλυφάδας)
2003 Ρένα Σαχτιάρη (Α.Ν.Ο. Γλυφάδας)
2004 Ελένη Βασιλείου (Δ.Α.Σ. Άνω Λιοσίων)      
2005 Ελένη Βασιλείου (Α.Ο. Σπόρτιγκ)
2006 Στέλλα Καλτσίδου (Εσπερίδες)
2007 Δήμητρα Καλέντζου (Εσπερίδες)
2008 Erika Devis (Εσπερίδες)
2009 Δήμητρα Καλέντζου (Εσπερίδες)
2010 Όλγα Χατζηνικολάου (Αθηναϊκός)
2011 Ρουθ Ράιλι (Αθηναϊκός)
2012 Όλγα Χατζηνικολάου (Αθηναϊκός)
2013 Αφεντούλα Μαγαλιού (Πρωτέας Βούλας)
2014 Ανθή Μπαλτά (Ελληνικό)
2015 Αφροδίτη Κοσμά (Ελληνικό)
2016 Λικέντρα Τζόνσον (Ολυμπιακός)