Στην πλούσια καριέρα του ως αθλητής κατέκτησε μεταξύ άλλων το Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα του 1987 και το ασημένιο μετάλλιο στην αντίστοιχη διοργάνωση του 1989 με την Εθνική Ανδρών, ένα Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα το 1996 με τον Παναθηναϊκό και ένα Κύπελλο Κυπελλούχων το 1993 με τον Άρη, καθώς επίσης επτά Πρωταθλήματα Ελλάδας με τον Άρη και ισάριθμα Κύπελλα Ελλάδος (έξι με τον Άρη και ένα με τον Παναθηναϊκό). Είναι πρώτος σε συμμετοχές στην Εθνική Ανδρών με 351 και πρώτος σκόρερ με 5.301 πόντους.

Ως προπονητής πανηγύρισε με την Εθνική Ομάδα την κατάκτηση του Ευρωπαϊκού Πρωταθλήματος του 2005 και το ασημένιο μετάλλιο στο Παγκόσμιο Πρωτάθλημα του 2006, όπως κι ένα Κύπελλο Ελλάδας με τον Ολυμπιακό. 

Ο Παναγιώτης Γιαννάκης γίνεται ο πέμπτος Έλληνας που μπαίνει στο Hall of Fame της FIBA μετά τους Νίκο Γκάλη, Παναγιώτη Φασούλα, Κώστα Ρήγα και Κώστα Δήμου.